正宗街机合金弹头2代增强版是合金弹头系列的第二作，剧情也承接至第一部结束的两年后，MORDEN的馀党势力正在酝酿第二波的反叛行动，故事从此展开...
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1998年的MS2已经是作为SNK的年度主打作品了.Nazca原班人马加上SNK的全力支援,MS2成为了一个名副其实的完全超越经典前作的完美续篇.96年时MS的主要系统就已经接近完美,SNK所要做的就是加入更多的噱头来使游戏性进一步增强.加入的两名女性角色似乎更受欢迎,而乘物也不仅仅只有Metal Slug了,飞机,步行机械以及那个装备了多管机枪的骆驼每一个都是个性十足.令人惊喜的是MS2有了一个完整的剧情,从X军的袭击到外星人的登场,SNK出众的编剧策划能力展露无疑.
Morden将军从监狱里逃出来并再次组织叛军，Peregrine Falcon又得出动了，这次还增加了两个女性成员，Eri Kasamoto和Fiolina Germi。经过一轮激战，Morden被外星人盟友背叛了，Peregrine Falcon和Morden的军队合力击败了外星人。
在一切结束後，过了两年，正规军参谋本部接见MARCO和TARMA，他们发现MORDEN的馀党势力似乎正在酝酿中，恐怕会造成第二波的反叛行动。不但世界各地开始引发一些小型的活动，而且这些小型活动的主使也开始联合尝试组织化.....，据各地的来到情报显示，morden的势力极有可能又再次复活.......但是，MORDEN不是失踪了吗?两年内，从未得知他的消息。MARCO和TARMA倒很清楚该怎麼做，他们自愿再组队出击，以秘密突击的方式。参谋本部自然同意了他们的作法，但是，他们担心这是一场过於艰难的任务，不是两个人就可肩负得了的，於是，他们推荐正规军情报部的特殊工作队-SPARROWS，那儿将会派遣两人来支援。此次任务，即2 MISSION，是四人的共同作战。作战即将出发的当天，SPARROWS的两位士兵来会合了.....，令他们惊讶的是，是两位女性。
「我是笠本英里，二等兵。叫我ERI(英里)就可以了。」「呃....嗯，真的很荣幸见到你们两位前次大战的英雄，我是SPARROWS的FIOLINA GERMI，一等兵。我是第一次参加这种大规模的作战行动.....但我没问题的。希望大家一起加油，多多指教了。」 「喔喔......MARCO，这次可以和这样的女性一起作战呐。」 「都到这时候还说什麼，时间到了。MISSION START!」
打压作战就这样开始了，但他们还不知道隐藏在这次行动中，MORDEN请来的危机...
