口袋妖怪透明水晶最新版为玩家带来焕然一新的水晶改版体验，支持自定义角色、精灵跟随等创新功能。游戏囊括城都与关都地区共16个道馆的精彩挑战，让玩家沉浸于前所未有的冒险旅程，即刻下载开启你的训练师之路。
在这款改版中玩家将会体验全新故事情节，而且除了水晶原来的精灵外还二外收录了初代的经典精灵，让玩家们能够来在冒险的旅途中找寻更多的精灵伙伴
这款游戏也让我领略到了其中的快乐。途径非常的多，于是我就非常快乐的玩了下去
我也想像他们一样，有自己的宠物和他们都一样的
本作是唯一一个以种族值580的传说中的神奇宝贝作为封面的主系列游戏。
水君作为封面神奇宝贝的原因是因为水君在玩家人群中获得了极高的人气。
本作是第一个出现女主角的神奇宝贝主系列游戏。
如果不算上作为红绿版修正版本的蓝版的话，本作是任天堂第一次尝试制作神奇宝贝主系列游戏的资料片。
由于盗版汉化的BUG，GS球可以通过桧皮镇精灵中心得到。导致直接捕捉雪拉比。
因为移动适配器GB的存在，日文水晶版的很多设定与海外版完全不同，并且随着移动系统GB的关闭，很多内容在之后的复刻版心金魂银版中也没有出现。
某些在日文版中才能得到的道具实际上在海外版中也存在，但是没有任何方法获得。
设计变化：
桔梗市西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝(在这个版本中是火球鼠)的玩家能够比其他版本中更早地收服到炎系神奇宝贝。
冰雪通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构。
烧焦塔全部重新设计。
神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计，现在玩家可以看见迷你龙的雕像。
雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。水晶版也是第一个与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本。
龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。
首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。
某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公;狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像。
部份训练家的台词改变。
地点变化：
狃拉出现在了冰雪通路。在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。
鸭嘴火龙不再出现在烧焦塔，而是出现在白银山。
部份训练家站立的位置做了调整。
关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。
游戏变化：
玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本。
水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。
洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。
凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。
增加雪拉比的GS球(道具)剧情，可以捕捉雪拉比。
阿鲁夫遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。
部分神奇宝贝获得新的升级技能。
在日文水晶版中，如果玩家将在满金市的神奇宝贝中心获得的蛋兑换券交给饲育屋老夫妇，他们会送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有可能孵化出皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或小鸭嘴龙，并且有50%的可能性孵化出异色神奇宝贝;
在英文水晶版中，饲育屋老夫妇会直接送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有14%的可能性孵化出异色神奇宝贝。
黄金市也有了很大的变化，神奇宝贝中心变成了多功能精灵中心(PCC)(就是可以用手机上网交换精灵的地方)
来到浅黄市，竟然发现有一座战斗塔(上网才有用).……
