一九九七年——众格斗家的决胜战之后，高尼茨突然出现的破坏引起了很大的回应，市民争相希望了解，当天究竟发生了什么事情。主办机构亦忙于向那次特别事件作出解释（说是由恐怖分子引起的事端）及处理善后的问题。K.O.F.96大会的成功，不单引起了格斗潮流，更引起了数间巨大企业的兴趣，并以赞助者的名义期望举办K.O.F.97，K.O.F.97之声势就此日渐壮大。在一遍群情汹涌下，K.O.F.97正式落实举行了。大会决定举办后，世界各地的武道家都会纷纷云集。在大赛前，与草薙京有着宿世姻缘的女友雪登场，同时京的徒弟——十分仰慕他的矢吹真吾也出现在大众面前，京传授了他草薙流古武术。经过激烈比赛，大会结束，此时庵、莉安娜体内的邪恶力量突然爆发。在击败暴走的两人后，在大会中引人注目的七枷社、夏尔米、克里斯登场，这三人的真正身份竟然是大蛇一族的四天王。一番激战后战胜了三人，而这时候大蛇藉克里斯的身体转生成功！传说之中最强的暗黑力量主人——大蛇OROCHI终于出现了！最终OROCHI败于三神器的京、庵、千鹤的手上。
选用以下队伍通关，会看到特别结局
⒈三神器队：草薙京、八神庵、神乐千鹤
⒉师徒队：草薙京、矢吹真吾、第三个人随意，只要不是八神庵或莉安娜都行
⒊94女子格斗家队：尤莉、金、不知火舞
⒋旧时代明星队：拉尔夫、雅典娜、克拉克
⒌SNK超级巨星队：草薙京（代表拳皇）、特里（代表饿狼传说）、坂崎良（代表龙虎之拳）
⒍边缘队（sidekick team）：红丸、东丈、金家潘
⒎Game-ST队：特里、东丈、玛丽
⒏Fami-Tsu队：山崎龙二、陈国汉、蔡宝健
⒐Neo·Geo Freak队：草薙京、不知火舞、比利
