《拳皇97终极版剧情版》是玩家基于原版修改的一个特色版本。拳皇97终极版不仅修改了游戏画面、招式动画还有背景音乐，还有人物属性、角色技能出招都做了修改，玩法更具特色，画面也更加清晰精美。
相比拳皇前三个版本各方面均有较大改进，是拳皇系列的成熟之作。
单挑模式：玩家任选一名角色和电脑单挑，三局两胜，打败后可以接着挑战下一位选手。
玩家VS玩家模式：和好友一起玩的模式，同样和单挑模式一样，玩家们只能选择一名角色进行格斗。
一对多挑战：此挑战模式下，玩家选择一名角色，而电脑会两名角色同时登场，难度比较大。
多对多挑战：此模式下，玩家和电脑一样，多人互战，其中玩家自己的队友为电脑，AI也是比较高。
组队挑战：此模式下也是玩家和好友组队进行挑战，各选一名组成队伍和电脑队伍进行格斗。
