《明日方舟单机手机版》是一款塔防类型单机手游。在游戏中，玩家将作为罗德岛的领导者“博士”，带领罗德岛的一众干员救助受难人群、处理矿石争端以及对抗整合运动。在错综复杂的势力博弈之中，寻找治愈矿石病的方法。
战斗开始前，玩家应对其干员进行合理的编队并选择合适的技能。
战斗开始后，玩家需根据敌人进攻方向布置干员防守，同时在费用允许的情况下根据怪物类型选择相应职业的干员加入战斗。当敌人完全被清除后，若玩家防御值不为0，则战斗胜利；若玩家的防御值为满值，则可获得3星评价。
罗德岛分为主界面和基建。玩家可在主界面进行干员训练、查看仓库、发起作战等活动。
基建功能相对复杂，由一个控制中枢和若干房间组成。玩家可以消耗无人机和基建材料来对其进行升级。控制中枢的等级决定了可建造建筑的数量。该场景为玩家提供了生产资源、合成素材、获取龙门币的途径。
任务系统共有三个部分：见习任务、日常任务、周常任务和主线任务。其中日常任务将在每日凌晨4点重置，周常任务将在每周一凌晨4点重置。
玩家可以通过完成诸如击杀特定数量的敌人、三星评价通关副本、强化干员等各项任务目标来获取任务印章，从而领取日常/周常任务内的龙门币、作战记录、素材等奖励。而对于见习/主线任务而言，玩家需要完成诸如攻略特定关卡或是制造特定材料的任务以获取奖励或解锁下一阶段的任务。
《明日方舟》中的绝大多数的UI基色均为最简洁的黑白，各类图标则仅由简单的线条和图形构成。这些简单的设计元素组合看似随意，实则大有其妙处：黑白色的基底令画面中的主体要素存在感更加突出，就连最细节部分都能第一时间被玩家感知；简化到极致的图标无需多少文字类的说明便清晰地向玩家传达了所有的信息。与此同时，灵活多变的场地机制让《明日方舟》原本已经一定程度上战棋化的非传统塔防游戏机制又增加了即时战略的乐趣，游戏深度进一步加强。
