假面忍者花丸》采取的是横版过关模式，主角花丸属于一击即死型，大大增加了游戏的挑战程度。但BOSS战则改为比较特殊的桌面类战斗必须一提的是，BOSS战的BOSS牌面是根据玩家进入BOSS战时的时间尾数来决定的。时间影响了BOSS战的难易程度，不过只要玩家在攻关中积累了一定数量的牌数翻倍道具，BOSS战也就没什么难度可言了
1) 运行mamep.exe开始游戏。
2) 运行游戏后会出现提示版权信息窗口，重复键盘上的字母键“O”键和“K”键，最后按回车便可进入游戏画面。
3) 如有需要，可以在游戏画面中按键盘上的“TAB”键，可以进行按键设置、游戏作弊、参数调整或者其他设置。
玩家1：投币键：2开始键：1重置键：F3设置：TAB上：W下：S左：A右：D按键 1：Y按键 2：U按键 3：I按键 4：H按键 5：J按键 6：K玩家2：投币键：数字键8(小键盘)开始键：数字键7(小键盘)上：↑下：↓左：←右：→按键 1：数字键4(小键盘)按键 2：数字键5(小键盘)按键 3：数字键6(小键盘)按键 4：数字键1(小键盘)按键 5：数字键2(小键盘)按键 6：数字键3(小键盘)
