火焰纹章新纹章之谜讲述的是《火焰之纹章：暗黑龙与光之剑》之后的故事。玩家在游戏中的分身“MY UNIT”将会作为英雄王背后的英雄全新登场，姓名、相貌、性别、兵种以及人物形象都可以自由设定。同时还会定期提供追加地图的下载、对战以及人物的出界等等功能。
1、原创角色满足传说中的英雄： 有些英雄会作为盟友在你的身边战斗，而其他英雄则会以你的方式站在敌人身边，被击败并加入你的军队。
2、激烈的战斗：参加基于战略回合的战斗，精简流动的地图，适合在你的手掌！领导你的军队与容易触摸和拖动控制，包括攻击的能力，通过简单的向敌人打一个盟友。
3、许多模式让你一次又一次玩：除了主要的故事，还有许多其他模式，你可以加强你的盟友，与其他玩家竞争，等等。此外，免费和及时的更新将继续添加新的英雄角色，内容和其他惊喜，让你充满了额外的游戏时间。
进入游戏后我们可以先选择游戏的难度。和之前官网公开的一样，本作有ノーマル，ハード，マニアック，ルナティック四个难度（既然是第一次游戏，在下在这里选择了ノーマル，换言之，下文的流程攻略也将以此难度为准）。而当我们选择完难度后，还有新手模式和经典模式选择，前者是在游戏中即时有同伴挂掉也不会死亡；而后者则是最传统的FE风格，挂掉的同伴无法复活（在下在这里选择了后者）。难度和模式都选择完毕后。会进入本次新作的重头戏之一，创建我们玩家自己的分身，也就是游戏里所说的“影子英雄”。跟着アンナ小姐的提示设定完毕后，她还会让我们选择3个问题的答案，分别是出身，现在的才能以及未来的愿望。这个估计和玩家分身的初始能力等数据有关。
一切就绪后，就让我们正式进入英雄战争时期的阿卡内亚大陆吧。
在遥远的过去，由龙人族首领梅迪乌斯率领的德鲁亚帝国军侵略了阿卡尼亚大陆。人们陷入到了恐怖和绝望之中。阿卡尼亚圣王国也被恐怖的黑暗龙毁灭了。世界濒于毁灭。可是……奇迹出现了。有一个来自阿利迪亚名叫安尼的年轻人，经过千辛万苦得到了神剑法鲁西昂，打倒了黑暗龙梅迪乌斯。德鲁亚帝国毁灭了。阿卡尼亚王国重建起来。和平降临了，以阿利迪亚为首的很多国家都建立起来。
但是，在德鲁亚战争结束一百年后，经过了这么漫长的时间，梅迪乌斯又在德鲁亚复活了。还合并了邻国古鲁尼亚和玛凯多尼亚，重建了德鲁亚帝国。在达因有一个妄想统治世界的大主教加尼弗，他与帝国联手向阿卡尼亚王国发起了进攻。阿卡尼亚王国拼死抵抗，但在梅迪乌斯和古鲁尼亚的名将卡缪的面前节节败退，最终阿卡尼亚灭亡了，王室成员除公主妮娜侥幸逃出外全部被处以死刑。在继承了英雄安尼血统的阿利迪亚，国王柯内利亚斯为了打败梅迪乌斯取出了传说中的神剑法鲁西昂，却因为盟国古拉的背叛遭受重创，阿利迪亚王国也被毁灭了。只有14岁的王子玛鲁斯在姐姐爱丽丝的帮助下逃了出来，向处于边境的岛国塔利斯逃去…
