《孢子》是一款策略类游戏。游戏中玩家最初扮演一个单细胞逐步进化成太空文明角色，游戏里玩家可以打造属于自己的世界，包含冒险、探索、创造等元素。
游戏分为五个阶段：细胞，生物，部落，文明，太空，每个阶段有其进度值，玩家把游戏进度条进行到顶即可进入到下一关（太空阶段是最后一个阶段，是无限的，无法下一关）。
细胞阶段：游戏起初的活动是一种自由模式很类似于《大鱼吃小鱼》、《派克人》等，在自然法则之下，依靠杀掉敌人并吃掉敌人来成长自己；
生物阶段：这个阶段感觉类似《暗黑破坏神》，强调角色的战斗和成长；
部族阶段：当角色的成长和发展达到令人满意的阶段，将放弃个体的控制转而成为新型的RTS界面；
文明阶段：己方玩家规划城市的建设和布局，当己方玩家的城市建成时，己方玩家可以通过缩放视角来查看。开始寻找其它文明，通过战争或外交手段，最终的目的是征服整个星球；
太空阶段：统治整个星球之后，穿过浩瀚的宇宙侵略和扩张其它太阳系的文明。侵略扩张阶段是十分开放的的。玩家可以侵略的文明，也可以在太空中冒险，这阶段类似《星际迷航》系列。
各阶段组成一个完整演化进程：细胞、生物、部落、文明和太空，每个阶段都有不同的挑战和目标。玩家可以选择从细胞阶段开始，从微不足道的水中细胞生物慢慢培育一个物种，使其进化成有知觉的物种；或是从多个星球上建立部落或文明再开始游戏，随心所欲地操弄属于自己的世界。
货币：细胞阶段与生物阶段货币采用DNA点，部落阶段食物当做货币，文明阶段采用香料货币，太空阶段采用统一宇宙币。
组件：细胞阶段与生物阶段中，地图随机出现，玩家收集后可以更改外观，部分包含强化技能，每种作用不一，特殊作用如：剧毒、放电等。其他阶段的组件基本自动解锁，不用收集。
宇宙道具：仅太空阶段出现的道具，包括武器、收集品、稀有道具（稀有遗物、稀有珠宝、稀有晶洞）等。
造型
游戏每种阶段（细胞、生物、部落、文明、太空）出生时都可以自由选择更改造型，如：脸型、身体等，除未解锁的配件。文明与太空阶段下，基地、飞机、车辆、船、太空飞船等，玩家可以根据制造模型、更改模型，或使用网络或原有模型。
分类
每个阶段都包含红绿蓝三种类型，代表细胞、生物阶段分为肉食、
草食（素食）和杂食分为三类进食，而部落、文明、太空阶段分为战略类型分为战争、和平、战略三种。颜色的次序没有影响，只按照一定数量来配比，最后会影响宇宙阶段的职业及技能。
职业
职业是太空阶段增加的种类，分为十类。根据每一阶段的选择，到下一阶段可以自由更改进颜色类型，最后太空阶段，自动生成一个职业。三个阶段的红色等于全红，三绿同全绿，三蓝同全蓝。
