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格斗大会进入新的篇章"N.E.S.T.S"篇。一九九九年的世界格斗大会依然如期举行，这次大会是由神秘组织的首领古力查利度举办，他通过大会收集各地格斗家的数据，并试图将其克隆，亡图控制整个世界，他误以为K'是自己的克隆人，可是他万万没有想到，自己才是K'的复制品，古力查利度在被K'击败后，被克隆零宣布处死，自己也被N.E.S.T.S组织擦去了全部的记忆（其实他自己的记忆也是复制品）
“对战形式仍为3对3，但大会采用援护战斗的形式。”“援护战斗！”，听到这个陌生名词的格斗家们掩饰不住脸上的困惑。感觉到有些火药味的哈迪伦示意拉尔夫等人参加战斗，查明大会开展的真相。其中，二阶堂红丸也作为特别队的一员收到了邀请，预备出席KOF。队友的名字是K’以及马克西玛（MAXIMA）。但是在以前的格斗界中，红丸对这两个名字闻所未闻。
满怀心事的红丸以及格斗家们分别动身前往指定地点，他们心中充满疑惑-援护模式是什么？这次举办的大会又有什么内幕？满是谜团的KOF即将再掀风雨！在KOF99大会开始不久，世界各地出现大批克隆人战士和改造人战士出现，它们的背后，是阴森庞大的神秘组织-NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄-草薙京。京和庵的足迹已成传说。真正的京，到底在哪里？庵呢？那OROCHI空间毁天灭地的一战，到底换来了怎样一个结局？
