《超级机器人大战L》本作是机战系列登陆到NDS上的第三部作品。本次登场的动画将有6部是系列初次收录，包括《EVA新剧场版》，《兽装机攻》等，合计登场作品数量将达到17部。系统方面依然保持大家熟悉的剧情，回合战斗的模式，战斗演出将会更加华丽，容量也会得到大幅提升。
在此作中，两部机体组合成一个小队后，各个机体的驾驶员还能获得额外的组队奖励，能力值得到提高。如右图所示，两部机体组合起来后，攻击力、装甲、瞄准值都有所提升。
不仅如此，当满足一定条件后，组队奖励还能进一步加强，让机体的能力得到加强。
只要灵活运用组队奖励系统，不但能弥补同伴的弱点，还能强化同伴的长处。根据实际情况该选择怎样的搭配，进行怎样的战略部署，这都由玩家自己决定，大大提高了游戏的乐趣。
PU——双人小队(Partner Unit，简称PU)
优点：可以互相交换主、副机体，对地形的适应性更强。
队友间可以进行援护行动。
队友间有组队奖励。
缺点：不能接受周围其他单位的援护。
SU——单个单位(Single Unit简称SU)
优点：可以从与其邻接的单位接受援护行动。(最大8台机体)
可以使用连击。
缺点：不和我方单位邻接的话，就不能接受援护行动。
受到地方PU单位的集中攻击的话，有可能会受到致命的打击。
玩家需要根据实际状况来灵活运用，才能更有效地攻略游戏。
此作不仅在战斗系统方面有所改进，游戏中穿插的剧情动画也制作得更加流畅，画面更加华丽。
人类进入宇宙已经1个世纪，但这并不是一帆风顺的道路。核战争后国家力量发生重组，之后又与苏醒过来的古代“邪魔大王国”之间爆发战争。战乱给地球带来了粮
食危机，接着向殖民卫星的粮食榨取又引发了新的对立。
15年，被称为“第二次冲击”的前所未有的重大灾害的发生，使得情况进一步恶化。在世界大混乱的背景下，“ダリウス军”、“加藤机关”、“ダンクーガ”等等不明势力开始活跃起来。 对应的，各国开始加强军备，伴随着扩军政策的后果，宇宙居民间接深受其害，地球和殖民卫星间的关系极度紧张。
5年，巨大生物“拟态兽”和人类之间爆发了“巨神战争”。虽然人类方面在苦战后取得了胜利，但是人类间争斗并没有因此而消失。3年因为殖民卫星处的恐怖事件，最终导致了地球和殖民卫星间的全面战争。
2年，持续1年数个月的战争以地球侧的胜利宣告结束，各国的军事力量都大幅度减弱。而“机械兽军团”趁这个机会开始向人类发动挑战，为了对付这个情况人类组建起保卫殖民卫星的各个国家之间的新国联。以此为号召，成功击退了“机械兽军团”和“ミケーネ帝国”，之后终于可以有喘息的时间。
但是在此之后，却是又发生了“ダリウス军”的全力进攻、打破封印而复活的“邪魔大王国”。各国军备再度强大起来，到为止人类距离和平的道路越来越远。
于是到了，与异世界来访者的接触又开启了新的战乱…
