合金弹头A中最吸引人的就是收集要素。它不同于街机版中仅仅是对人质的收集。由于是掌机版的缘故，本作取消了原有的分数系统，取而代之的是卡片和人质的收集。人质的收集与系列作相同，可以救出普通人质和隐藏人质。有些人质会藏在隐藏的房间、过道甚至地下迷宫中。人质的收集完成度可以在每关过关后的人质花名册上查看。
卡片的收集则是本游戏的最大亮点。作为GBA版独有的卡片系统，卡片的效果在游戏中起到了极其重要的作用。包括可以提升坦克的防御力或者弹跳力的卡片，可以提升武器装弹量或者武器威力的卡片，可以帮助探索隐藏道具以及人质的卡片，还有开启特殊游戏模式以及变换骑乘武器等五花八门的卡片。卡片的收集方式也是多种多样：除了救出人质，获得道具，打每关固定的隐藏点可以收集卡片之外，还有很多卡片需要独特的方式才能收集到。比如在限定时间内杀每关BOSS可以得到特殊卡片，救出N名人质之后可以得到纪念卡片等等。最关键的是某些隐藏路线和游戏的隐藏关只有在获得特定卡片之后才会开启。本作通关不难，难就难在把卡片集齐。游戏一旦中途接关，在本关的接关点之前所获得卡片将会消失，之前努力付之一炬。只有在保证不接关的情况下，从一关的开头打到关底才能保留本关内获得的卡片。以下为卡片获取关卡及条件：
第一关：
普通卡片：11 44 57 61 62 63 64 66 67
需要收集卡片后得到的：18 27
第二关：
普通卡片：03 13 15 20 26 32 45 58 70 74 78
第三关：
普通卡片：01 08 17 33 37 46 71
需要收集卡片后得到的：02 04 16 24 36 41 56 59 75
第四关：
普通卡片：05 10 14 22 25 28 29 34 47 60 65 72 76
第五关（收集卡片至少3次通过）
普通卡片：06 09 12 19 21 23 30 31 35 38 39 40 48 49 55 73 77
附加关DUNGEON(得到上一关的55号卡片后进入，路线较复杂，大致分为3部分)
第1部分07 42 43 51
第2部分50 53 68
第3部分52 54 69
特殊卡片收集：
通过杀敌数量得到：86 87 88 89
通过拯救人质得到：90 91 92 93 94 95 96 97 98 99
未杀敌就被OVER得到：85
使用04号卡片功能后（开启后按L键发动）得到：84
特定BOSS特定时间击破：79 80 81 82 83
收集齐前99张卡片后得到：100
BOSS卡片得法
第一关 10秒内干掉boss
第二关 90秒内干掉boss
第三关 20秒内干掉boss
第四关 15秒内干掉boss
第五关：80秒内干掉boss
